Seit etwa 1460 war Sonnenburg der Herrenmeistersitz. Dabei ging die Ballei Brandenburg einen Sonderweg. Sie spaltete sich vom Hauptorden ab und wandte sich dem evangelischen Glauben zu. Der katholische Zweig der Johanniter heißt bis heute Malteser, mit Sitz in Malta, später in Rom. Als ein anderer Ritterorden, der Templerorden, 1318 aufgelöst wurde, übernahm der Johanniterorden viele Besitztümer der Templer, darunter auch Ortschaften und Komtureien in Brandenburg.
Im Dreißigjährigen Krieg wurde die Ballei Brandenburg durch die Schweden stark verwüstet. Der Johanniterorden trug anschließend maßgeblich zum Wiederaufbau bei und gestaltete die Oder-Warthe-Region neu, z.B. mit der Trockenlegung des Warthebruchs und der Gründung von vielen Dörfern im neuen Siedlungsgebiet.
Infolge der Säkularisation beanspruchte Preußen 1811 die Ländereien der Johanniter. Der Orden wurde jedoch 1852 wiedererrichtet und kaufte das Ordensschloss Sonnenburg 1855 zurück.
Im Ersten und Zweiten Weltkrieg zeichnete sich der Orden wieder verstärkt durch Krankenpflege aus. Ordensritter Graf von Hardenberg war einer der Drahtzieher des Hitler-Attentats vom 20. Juni 1944.
Nach 1945 wurde Ost-Brandenburg – die Neumark – polnisch. Das Schloss war verlassen und brannte 1975 aus. Der Orden konzentrierte sich auf der deutschen Seite auf die Johanniter-Unfallhilfe, Krankenhäuser und Sozialstationen. Durch eine deutsch-polnische Kooperation konnte das Schloss Sonnenburg als Ruine wiederbelebt werden.
